Gampong dua paya terbentuk dimulai dari pembukaan lahan oleh sekelompok orang untuk berkebun,bersawah atau membuka permukiman, sekelompok orang membuat rumah hunian sebagai tempat tinggal. seiring berjalannya waktu jumlah kepala keluarga bertambah dikerenakan kondisi tanah dan sumber air yang mendukung. setelah kepala keluarga bertambah, masyarakat mulai mengadakan kegiatan gotong royong seperti membagun menasah, membuat jalan setapak dan menetapkan tokoh adat sebagai pemimpin. 

gampong dengan kondisi geografis yang memiliki dua hamparan rawa atau paya besar, ketika jumlah penduduk sudah memenuhi syarat  dan jarak dengan gampong induk terasa jauh, warga mengajukan pemekaran kepada pemerintah kecamatan dan kabuten. setelah memulai survei penetapan batas wilayah, dan memenuhi administrasi, gampong dua paya disahkan secara resmi melalui qanum atau peraturan bupati, sejak saat itu gampong dua paya memiiki struktur sendiri dengan geuchik, sekretaris dan perangkat desa lainnya.